เซลล์เชื้อเพลิงที่ใช้แก๊สไฮโดรเจนผ่านเข้าไปที่แอโนด และแก๊สออกซิเจนผ่านเข้าไปที่แคโทด และมีอิเล็กโทรไลต์คั่นระหว่างแอโนดและแคโทด โดยอิเล็กโทรไลต์มีหลายชนิดขึ้นกับชนิดของเซลล์เชื้อเพลิง เช่น เซลล์เชื้อเพลิงแบบเบสใช้โพแทสเซียมไฮดรอกไซด์เป็นอิเล็กโทรไลต์ เซลล์เชื้อเพลิงแบบเมมเบรนแลกเปลี่ยนโปรตอนใช้แผ่นเมมเบรนพอลิเมอร์เป็นอิเล็กโทรไลต์